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系統工程學院由1979年錢學森同志親自指導成立的原系統工程與數學系發展而來，學院機關設教學科研處、政治工作處，下設管理科學與工程系、作戰運籌與規劃系、軍事建模與仿真系、C4ISR技術國防科技重點實驗室和學員大隊。主要承擔作戰運籌與任務規劃、仿真工程、作戰目標工程等學科專業人才和專業相關聯合作戰保障人才培養，以及相關專業軍官、文職人員培訓、全軍作戰數據工程、聯合作戰規劃系統、全軍模擬仿真體系建設等研究，所屬人員思想政治工作、日常教育管理等任務。

學院擁有一支科研整體水平高、集體攻關能力強、結構合理的師資隊伍。現有教師175人，其中正高職教員46名，副高職教員62名；博士生導師48名（含13名國內外知名學者兼職教授），另有國際知名學者特聘教授1名，碩士生導師55名。教師隊伍中具有博士學位的159名，占90.9%。

“十二五”以來，學院學科建設取得顯著成績。具有管理科學與工程、控制科學與工程、軍隊指揮學、軍事裝備學等4個一級學科及博士學位授予點，管理科學與工程、控制科學與工程、軍隊指揮學等3個博士后科研流動站，以及公共管理（MPA）、項目管理領域工程碩士2個專業學位授權點。其中，管理科學與工程、控制科學與工程為國家重點學科，軍隊指揮學為湖南省重點學科。管理科學與工程入選國家“雙一流”建設學科，并在2017年第四輪全國一級學科評估中獲得A+。擁有“系統工程與管理”系列課程、“指揮信息系統”專業課程2個國家級教學團隊，“指揮控制組織設計與優化技術”教育部科技創新團隊。建有“985工程”聯合指揮控制系統技術科技創新平臺、裝備體系工程管理哲學社會科學創新基地。主要圍繞戰爭設計、作戰實驗、信息保障研究領域，面向我軍指揮體系、管理體系、作戰力量體系、訓練體系等開展基礎理論方法研究、關鍵技術攻關、公共平臺研制和系統集成，突出解決制約軍隊信息化建設和武器裝備發展的關鍵問題。學生學位論文共獲得全國百優博士學位論文1篇、提名1篇，軍優博士學位論文9篇，省優博士學位論文10篇，校優秀博士學位論文28篇，并與國內外許多知名大學和研究機構建立了長期學術交流關系，先后有200多人次赴國（境）外攻讀學位、訪問交流和合作研究。2011年以來，承擔各類科研項目460多項。獲得國家科技進步二等獎5項，軍隊、省部級一等獎5項，二等獎12項，三等獎7項。